东北农业大学作物遗传育种学科是211工程重点建设学科之一，于1948年由我国著名的作物遗传育种学家王金陵教授等老一辈科学家创立。1979年被评为国家硕士学位授权点，1983年被评为国家博士学位授权点，1987年被评为黑龙江省重点学科， 1997年成为国家 "211 工程" 重点建设学科，1998年被评为国家作物学一级学科博士后流动站，2000年设立黑龙江省特聘教授岗位，在2000年、2005年和2010年三次的黑龙江省重点学科评估验收中均以高分获得评估优秀的好成绩。该学科承担全校作物遗传育种方向的教学、科研、推广和人才培养工作。

以寒地5大作物为研究对象，涵盖传统的作物遗传育种、分子育种、生物技术利用、生物信息、环境生物学等研究领域，学科建设较完整，师资力量较雄厚，科研实力较强，拥有大豆生物学教育部重点实验室、国家大豆工程技术中心和农业部寒地作物生理生态重点实验室，仪器设备总值3000余万元。

经过近60年的发展，本学科的师资和科研力量形成年龄、学历、学缘结构较为合理的人才梯队。在人才培养上稳定数量，注重质量，扩大高层次人才培养规模。在读本科生1000人；研究生人数180人，其中，博士研究生30人。本学科60年来为国家培育出一大批优秀人才，例如：前任农业部副部长王连铮、中国作物学会大豆专业委员会前任理事长常汝镇等。改革开放以后，本学科先后派出100名优秀教师前往发达国家进修学习，一些人归国后成为国家科学研究骨干，例如：中国作物学会大豆专业委员会副理事长邱丽娟博士和韩天富博士等。

作物遗传育种学科根据黑龙江省北方寒地的生态地域特点，适应农业发展需要，追踪国内外遗传育种研究的发展动向，开展具有寒地特点的春大豆、粳稻、马铃薯、玉米、春小麦等农作物高产、优质、高效的理论和应用研究，确定了“优异基因克隆与分子设计育种”，“寒地作物优异种质创制与种子产业化”，“生物信息与作物数量遗传”，“寒地作物环境生物学与抗性遗传育种”，“寒地作物育种方法与技术创新”等5个研究方向。该学科在研究方向上紧跟学科发展前沿，坚持应用基础研究和应用研究相结合，现代生物技术与传统育种方法相结合，为选育早熟、高产、优质、多抗新品种提供新理论、新技术、新材料和新品种，为国家农业可持续发展提供科技支撑。

“十五”和“十一五”期间，该学科先后承担“863”、“973”、“国家攻关”、国家自然科学基金重大和重点项目以及省部级科研课题70余项，研究经费近4000万元。已经建立起种质资源评价、基因工程、遗传作图、基因分离与克隆、分子标记辅助选择等一系列现代生物技术研究平台，发掘了一批新基因资源，构建了几种主要农作物的分子图谱，标记定位了一批重要基因，育成了各种作物新品种25个，累计推广面积近2千万亩，创经济效益15亿元。申请专利7项，获得国家和省部级科研奖励11项，其中国家科技进步二等奖一项，教育部科技进步二等奖二项，黑龙江省科技进步一等奖二项，黑龙江省科技进步二等奖三项。在学术刊物发表论文300余篇，在学术会议发表论文20余篇，SCI、EI、ISTP收录16篇，出版学术专著17部，科技成果转让共4项。

改革开放以来，本学科在国内外的学术交流中发挥了积极作用，作为中国马铃薯专业委员会的组织单位，先后主办国际马铃薯会议3次和全国马铃薯会议10次，主办全国大豆科研与生产研讨会1次，主办北方水稻科研研讨会1次。参加国际会议达100余人次，邀请国外专家来本学科讲学交流达100人次。